Emmanuel Klos wurde im kanadischen Harbour Grace geboren und erhielt seine ersten Fagottunterricht bei Alfred Rinderspacher, bei dem er auch sein Studium an der Musikhochschule Saarbrücken absolvierte. Während des Studiums war er Mitglied der Jungen Deutschen Philharmonie. 1983 trat Klos seine erste Stelle beim Sinfonieorchester Wuppertal an. Seit 1984 ist er Solo-Fagottist beim Beethoven Orchester Bonn.

Emmanuel Klos war zwei Jahre Dozent an der Folkwang Hochschule Essen und hat mehrere Jahre eine Fagottklasse an der Musikhochschule Dortmund betreut. Neben seiner Orchestertätigkeit widmet er sich auch der Kammermusik in verschiedenen Formationen.